Charles đối mặt với một cơn bão chính trị vì vấn đề kế tự. Trước viễn cảnh về một triều đình phong kiến sắp xảy đến, nhiều đại thần lên tiếng phản đối, nổi bật nhất là Anthony Ashley Cooper, Bá tước Shaftesbury thứ nhất (trước kia là Nam tước Ashley và là một thành viên Cabal, đã li khai năm 1673). Ý định Shaftesbury càng được củng cố khi Hạ viện vào năm 1679 thông qua Dự luật Loại trừ, theo đó tìm cách loại bỏ Quận công xứ York khỏi danh sách kế vị. Một số người thậm chí còn đề nghị trao vương miện cho người Tin Lành là Quận công Monmouth, người con ngoại hôn lớn tuổi nhất của Charles. Phe Abhorrers—cho rằng Dự luật Loại trừ thật đáng ghê tởm — được gọi là Tories (theo tên một nhóm kẻ cướp người Công giáo Ái Nhĩ Lan bị truất hữu), trong khi Petitioners — tổ chức một chiến dịch ủng hộ Dự luật Loại trừ — được gọi là Whigs (theo tên một nhóm phiến quân Giáo hội Trưởng lão Tô Cách Lan).[54]

Lo ngại Dự luật Loại trừ được thông qua, và được sự ủng hộ của một nhóm người từng được xá tội sau vụ Âm mưu Giáo hoàng, và dường như ông dành nhiều sự ủng hộ cho Công giáo, Charles giải tán Nghị viện Anh, lần thứ hai trong năm đó, vào mùa hạ năm 1679. Hi vọng của Charles về một Quốc hội biết nghe lời hơn đã không thành hiện thực, chỉ trong vài tháng ông giải tán Nghị viện lần nữa, sau khi họ tìm cách thông qua Dự luật Loại trừ. Khi Nghị viện mới họp ở Oxford tháng 3 năm 1681, Charles lại giải tán nó lần thứ tư chỉ sau vài ngày.[55] Tuy nhiên, trong những năm 1680, sự ủng hộ của quần chúng dành cho Dự luật loại trừ mờ nhạt đi, và Charles bất ngờ nhận được sự trung thành tăng cao từ người trong nước. Lãnh chúa Shaftesbury bị truy tố (mặc dù không thành công) tội phản quốc năm 1681 và về sau chạy trốn sang Hà Lan, ông ta chết ở đó. Trong những năm còn lại của cuộc đời, Charles thống trị không thông qua Nghị viện.[56]

Việc Charles chống đối dự luật Loại trừ gây ra sự bất mãn từ một số người Tin Lành. Một âm mưu của phe Tin Lành được gọi là Kế hoạch Rye House, nhằm giết nhà vua và quận công xứ York khi họ trở về London sau cuộc đưa ngựa ở Newmarket. Tuy nhiên, một ngọn lửa lớn, đã phá hủy nơi ở của Charles ở Newmarket, buộc ông phải trở về sớm hơn, và do đó, vô tình tránh được âm mưu tấn công.[57] Các chính trị gia Tin Lành như Arthur Capell, Bá tước Essex thứ nhất, Algernon Sydney, Lãnh chúa William Russell và Quận công Monmouth bị nghi ngờ dính dáng tới âm mưu này. Lãnh chúa Essex tự cắt cổ khi bị giam trong Tháp London; Sydney và Russell bị xử tử vì tội phản quốc với rất ít bằng chứng; và quận công Monmouth sống lưu vong ở chỗ triều đình của William xứ Orange. Lãnh chúa Danby và các lãnh chúa Công giáo đang bị giam ở Tòa Tháp được trả tự do và em trai Công giáo của nhà vua, James, nắm nhiều ảnh hưởng hơn tại triều đình.[58] Titus Oates bị kết tội và bỏ tù vì tội phỉ báng.[59]

Giá băng

Charles bắt ngờ bị trúng phong vào sáng ngày 2 tháng 2 năm 1685, và chết ở tuổ 54 vào lúc 11:45 sáng bốn ngày sau tại Cung điện Whitehall.[60] Việc ông lâm bệnh và chết một cách bất ngờ dẫn đến nhiều người hoài nghi rằng ông bị đầu độc, bao gồm một trong số các bác sĩ của hoàng tộc; tuy nhiên, một phân tích y tế hiện đại hơn cho rằng những triệu chứng bệnh cuối cùng của ông cũng tương tự như chứng niếu độc (một hội chứng lâm sàng do rối loạn chức năng thận).[61] Trong những ngày hấp hối trên giường bệnh, Charles phải chịu đựng nhiều phương pháp điều trị như trích huyết, uống thuốc xổ và giác với hi vọng hồi phục.[62]

Trên giường bệnh Charles dặn hoàng đệ, James, chăm sóc cho mấy cố nhân tình của ông: "đối đãi tốt với Portsmouth, và không để Nelly nghèo đói",[63] và nói với các triều thần: "Quả nhân xin lỗi, chúng ái khanh, vì một thời gian ngắn-cái chết".[64] Trong buổi tối cuối cùng của cuộc đời ông được nhận vào Giáo hội Công giáo mặc dù ông có thực sự hoàn toàn tỉnh táo hay không, và ai đã khởi xướng ý kiến đó, thì không rõ.[65] Ông được an táng ở Tu viện Westminster "không có kiểu cách tráng lệ nào"[64] ngày 14 tháng 2 năm đó.[66]

Người kế vị là em trai của Charles,tức là James II của Anh và Ái Nhĩ Lan và James VII của Tô Cách Lan.